Dans ce second volume de Isis dévoilée, intitulé Théologie, Helena Blavatsky se tourne vers les institutions ecclésiastiques qui sévissent depuis des siècles, particulièrement en Occident, les accusant d'emprisonner les hommes dans des dogmes qui n'ont plus de chrétiens que le nom. Helena Blavatsky les accuse d'avoir réduit au silence les voix des sagesses antiques afin de mieux maintenir leur monopole. Elle affirme que les mystères initiatiques qui, dans l'Antiquité, permettaient à l'homme de s'élever de connaître la communion intérieure avec son propre Esprit divin, existent toujours. Elle apporte le témoignage de sa propre expérience : l'existence de foyers d'initiation, toujours vivants et sous la garde de sages qui préservent et perpétuent l'héritage de ce glorieux passé. Ce second volume examine les croyances des religions anciennes et actuelles, en parallèle aux mythes et symboles des diverses cultures.